Japón corre una vez más peligro grave. Nuevos invasores se hacen eco en el mundo anime para destruirlo y se hacen llamar Mulianos (MU). Aunque parecen humanos a simple vista, su sangre azul delata su terrible ambición.
Su invación ocurre un hiriente día del año 2012. Dos ciudades flotan en el cielo, maravillando con su espectáculo, aterrando con su objetivo. Los invasores no han venido a dar los buenos días, un viaje tan atenuante merece la conquista y su oscura ambición pronto cobija en completo encierro a Tokyo.
Una poderosa esfera cubre a Tokyo y lo aisla de todo lo demás. Salir de ella es imposible, aparentemente, y los que han quedado dentro son relegados al dominio. Así, los japoneses están una vez más en guerra, peleando por exiliar a sus captores, pero esta vez.. esta vez la palabra libertad habrá de cobrar un nuevo significado.
Y en el corazón de esta contienda se encuentra Ayato Kamina, un estudiante de 17 años que gusta de la pintura y la buena amistad. ¿Cómo se involucró Ayato en esta guerra?. Divagaba un día mientras un ataque sucedió, pero en lugar de la indiferencia, escuchó la voz de su compañera Reika Mishima. Al querer seguirla, encontró un huevo gigante, cascarón del legendario, dentro de poco, Rahxephon.
La agencia de investigación de defensa TERRA descubrió esta unión y tomó entonces a Ayato y su Rahxephon como poderoso aliado, iniciando una entramada relación entre Ayato y una de las agentes de TERRA, Haruka Shitow.
Un pasado olvidado que está a punto de revivir servirá de escenario para la definición de esta cruenta guerra. El Rahxephon y la relación de Ayato y Haruka jugarán un papel importante, en una serie mecha que esconde más secretos de los que pueda aparentar en un principio.
