Año 2012. Dos ciudades flotan en el cielo, maravillando con su espectáculo, aterrando con su objetivo. Los invasores, extraterrestres desconocidos, se hacen llamar Mulianos y su sed de ambición cobija a la ciudad de Tokyo en un completo encierro.

Usando la esfera "Tokyo-Jupiter", los mulianos aislan Tokyo del resto del mundo, haciéndoles creer a sus habitantes que fuera de Tokyo todo ha sido destruido. Entonces los japoneses caen víctimas del látigo extreterrestre y son confinados al dominio, sin embargo, una esperanza surge tiempo después de manos de Ayato Kamina, un joven que ha descubierto la poderosa arma de Rahxephon.