Link ha vencido al temible Ganondorf y la paz ha regresado a Hirule y todo el mundo. Pero Link ha pagado un gran precio al convertirse en el Legendario Heroe del Tiempo, ha perdido a su mejor amigo, así que parte en su búsqueda a los bosques perdidos.

A media búsqueda es interrumpido por Skullkid, un niño que ha sido poseido por la máscara de Majora. No es cualquier juego, esa máscara tiene grandes poderes y Link pronto se ve en aprietos. Inconciente, sin su Ocarina del tiempo y sin Épona, debe partir en busca del ladrón, hacia Termina un lugar que parece de otra dimensión.. o tal vez lo sea.. y que esta siendo amenazado por su luna. Link tiene 48 horas para rescatar a Termina de ser destruido.. ¿Podrá Link con semejante peligro?.