Se supone que el 13 de diciembre del año 2000, varios meteoritos cayeron sobre la Antártida y destruyeron la capa glacial, provocando un aumento considerable en la altura del mar, y la consecuente inundación de varias ciudades cercanas a este. Mucha gente murió en este llamado "segundo impacto", y a la población humana le tomó algún tiempo recuperarse de este desastrozo incidente. Sin embargo, en este lugar realmente sucedió otra cosa, algo que cambiaría la vida que conocemos para siempre.

      Lo que no se dió a publicar, es que un grupo de investigadores de la ONU encontró un extraño ser al que llamaron "Ángel". Después de lo sucedido, la ONU creó un grupo de investigaciones secreto llamado NERV, localizado en Geofront (un cuartel subterraneo localizado debajo de la ciudad de Tokyo-3) encargado de averiguar todo lo posible sobre estos "ángeles", para así poder hacerle frente. Después de muchas investigaciones, NERV identifica que lo hace tan poderosos a estos "ángeles", es que possen un campo magnético (llamado AT) que facilmente neutraliza cualquier tipo de armas, además, al poseer la habilidad de regenerarse por si mismos, la única manera de eliminarlos es neutralizar este campo magnético. Aún con esta información, nadie estaba preparado para lo que estaba a punto de suceder.

     15 años después del llamado "segundo impacto", los "ángeles" finalmente deciden atacar, y dado que nadie puede hacer nada para detenerlos, NERV se ve obligada a meter cartas en el asunto.

     Para ello, NERV creo un grupo de "Evas", robots con algunos rasgos humanos, un tanto parecidos a los "ángeles", con los cuales podrán hacer frente a este peligro, pero la cosa no es tan fácil, ya que no cualquiera puede pilotear estos "Evas", si no que necesitan ser niños de entre 14 y 15 años (osease que hayan nacido después del "segundo impacto").. uno de los elegidos es Shinji Ikari, un niño un tanto introvertido (el tercer niño), encargado de pilotear el Eva 01.

      Shinji fue elegido por su padre, Gendou Ikari (quien es el jefe de NERV), al que no veía desde hace 10 años. Luego luego que llega a la ciudad se topa con su 1er. problema, el "ángel" Sachiel está causando caos en la ciudad y ninguna autoridad es capaz de hacerle frente, así que NERV le ordena a Shinji que use a la Eva 01 y se encarge de la situación. Shinji consigue destruir a Sachiel, pero esto lo llena de dudas sobre si realmente los "Evas" son robots.