Estamos en 1999. Japón está consternado, una isla desconocida acaba de emerger desde el fondo del oceano, sin razón aparente, pero creando curiosidad. Y así, dos estudiantes universitarios, inaka Hiroto y Takami Sahashi se aventuran a investigar esta "nueva" isla, encontrando dentro de ella una nave espacial con seres que más tarde serán conocidas como Sekireis.

 

Ahora nos encontramos en el año 2020. Ya han pasado muchos años desde que las Sekireis fuesen descubiertas, y ahora, Minato Sahashi, parentezcos aparte, vive una vida un poco lamentable, desempleado, infame con las mujeres, inteligente pero con baja autoestima y con pinta de idiota. Pero no lo sabe, su vida está a punto de cambiar con la aparición de una chica que le cae, literalmente, del cielo. Se trata de una Sekirei, una que ha decidido asociarse con él, para dentrarlo al mundo de las Sekirei, 108 en total. Peligrosas, poderosas. El mundo de Minato está a punto de dar un cambio radical.