"Dicen que si tomas una foto a la persona que te gusta y la usas de fondo de pantalla en tu celular durante 3 semanas, sin que nadie se de cuenta, entonces tu sueño se hará realidad..
...pero.. ¿Y si convirtieras ese bello sueño en una horrible pesadilla?."
Makoto Itou lleva tiempo ilusionado con una compañera de clases, que casualmente, viaja todos los días en el mismo tren ligero que el. La mira enternesido, embobado, pero nunca se ha atrevido a darle un simple hola, mucho menos a declarársele. Es un amor secreto, de inconfensable encierro, pero que aún así alegra la ilusión del algún día.
Y así, siguiendo una superstición local, Makoto se aplica a tomarle a su amor una foto con su celular, esperando que su sueño se cumpla, pero un accidente provoca que su compañera de salón, Sekai Saionji descubra la foto.
Sekai reconoce a Kotonoha Katsura como la chica de la foto y molesta a Makoto durante toda la clase, pero después le consigue una cita con ella. Extrañamente, Sekai se encuentra muy interesada en que el sueño de Makoto se realice.
Makoto se muestra tímido ante la cita, pero después descubre que Kotonoha también lo está y ambos se conocen al fin, tomados de la mano de Sekai, que se empieza a volver muy amiga de la aislada Kotonoha.
La felicidad inunda a Makoto, su sueño se ha realizado y la parejita se empieza a formar, pero la ambición de la victoria hace que Makoto empiece a exigir más cosas, el sueño ya no es tan bonito ahora que es real, tampoco la privacía ante lo que empieza a conocer.. invadido, tentado.. entonces.. entonces todo se transforma.. al tiempo que la polémica School Days toma su verdadero camino.
