Una extraña e inquietante leyenda habla de la Academia Gakuen Alice, una escuela para niños genios de la que se dicen muchas cosas. Sus estudiantes son encerrados hasta graduarse, sin ninguna posibilidad de escapar, viviendo de esclavos, además, cosas insolitas y horrorosas ocurren dentro de ella. Es una escuela cobijada con misterio y un alto nivel académico, de hecho, solo los más inteligentes pueden ingresar a Gakuen Alice.. pero.. ¿Será cierto todo lo que se dice sobre esta esucela?
Mikan Sakura es una niña de 10 años de gran carisma, con una personalidad muy variada y alegre. Es Intrépida, parlanchina, extrovertida, sensible, cariñosa y buena amiga, de hecho, tiene una amiga de la que apenas se separa y son muy unidas, a pesar de que su amiga es bastante distinta a ella. Y es que mientras Sakura es muy emocional y enérgica, su amiga Imai Hotaru es reservada y apenas muestra algún tipo de emoción, aunque eso sí, dentro de ella habita una inteligencia enorme, de ahí que sea candidata potencial para la temida escuela Gakuen Alice.
Tanto Sakura como Hotaru forman una amistad muy sinpar, sin embargo, un día descubren que su escuela está a punto de ser demolida, así que se ponen manos a la obra para imperdirlo. Hotaru organiza una protesta para detener la destrucción de su escuela, ya que si la derrumban, sus recuerdos y todo lo que vivieron allí, a pesar de su corta edad, se verá perturbado, caerá en el olvido. Sin embargo, nadie se une a su movimiento y todos deberán ser transferidos a otras escuelas. Al final, muchas circunstancias ocurren, y la escuela permanece en pie, pero Hotaru es alejada de Sakura e inscrita a la sospechosa Gakuen Alice, dónde automáticamente pierde todo contacto con su amiga de la infancia, con Sakura.
Sakura está muy triste. Es difícil separarse de un ser querido, además, teme lo peor de la escuela Gakuen Alice y no sabe lo que haran realmente con Hotaru, así que decide ir a investigar en que lio se ha metido su amiga. Y así, con mucho valor y abandonando a su abuelo, llega a la escuela y presencia un escape fallido de un niño. Hay desconcierto, pero después el problema es que unos secuestradores intentan tomar a Sakura, por confusión acaso, creyéndola estudiante de esta escuela. Es un momento complicado, pero afortunadamente, un profesor de Gakuen Alice aparece y la rescata, después, la mira fijamente y se da cuenta que tiene algo especial, que Sakura podría, perfectamente, entar a esta esucela, así que la invita a pasar.
Ya dentro de la escuela, Sakura descubre que no es tan aterradora como decían los rumores y que los niños de aquí no están enclaustrados únicamente por su inteligencia, sino también por sus habilidades. Cada uno de ellos tiene un "Alice", y el hecho de que hayan permitido pasar a Sakura, indica que ella también tiene uno.. ¿Un "Alice"? Los "Alice", como se les conoce, son realmente habilidades únicas de cada estudiante. Algunos pueden producir fuego a voluntad, otros pueden destruir, inventar.. en el caso de Sakura, ella tiene el don de la nulidad, con el que puede negar las habilidades de los demás.. ¿A final de cuentas, es una escuela de magos? ¿De qué se trata todo esto?
Sakura descubrirá, con el pasar de los capítulos y acompañada de sus amigos, incluida Hotaru, la importancia de la escuela, de los "Alice" y de los numerosos problemas y conflictos que deberán enfrentar. La escuela es enorme, también los secretos que alberga y los que Sakura resguarda.. ¿Qué sucederá en esta historia tan peculiar?
