Un día más, otro amanecer.. Último respiro de presagios.. lluvia de final apresurado.. presentación condenatoria.. decisión ineludible.. Se siente en el ambiente, lo sabes desde que empiezas a dudarlo.. ¿Es este tu último día?.
Shiro se levanta un día enmedio del más grande incendio que se recuerde. Su familia ha sido consumida, la mitad de su ciudad llace en cenizas.. el momento de tomar la decisión llega y Shiro se rinde ante las llamas, sin embargo, un misterioso heroe aparece y consigue rescatarlo a tiempo.
Kiritsugi Emiya adopta a Shiro y con el tiempo le enseña su heróico pasado. Kiritsugi es un mago que intentó salvar a la humanidad pero fracasó, sin embargo, ve con buenos ojos la continuidad de la misión a manos de Shiro y lo empieza a entrenar en las artes de la magia, con modestos resultados.
A Shiro le cuesta mucho aprender magia y no puede dominar ni los hechizos más elementales, para desilución de Kiritsugi, y pasado algún tiempo, Shiro pierde a su nuevo padre y decide continuar su misión, sin saber que alrededor suyo ocurre una siniestra guerra. Así, un día en plena limpieza del dojo escolar, presencia una increible batalla entre dos extraños.. uno de ellos teme que Shiro revele lo que acaba de ver y lo asesina.. Segundo acercamiento con la muerte.
Esta vez su padre está muerto y no hay héroe que pueda salvarlo.. con la excepción de su compañera de clases Rin Tosaka. Rin toma su colgante, y usando el mana que hay dentro de el, consigue revivir a Shiro. Después.. después ya todo empieza a aclararse, y Shiro deberá tomar una decisión más, quizás esta vez la correcta.
Una histórica guerra está ocurriendo en búsqueda del pedazo religioso más poderoso que se recuerde, quien gane la guerra, podría hacerse de el y ver cumplidas sus más deseadas fantasías. Shiro descubrirá muchas cosas al tiempo que se involucra en esta guerra, una de las más peligrosas que ha existido nunca.
