Cuenta una leyenda que hace 400 años existió un sujeto que poseeía poderes misteriosos y sobrenaturales, capaces de invocar criaturas extrañas, ayakashi. Este sujeto era único y sus poderes siguieron permaneciendo, aún muerto, en las tierras de Karasumori.

En la actualidad, existen dos clanes que han heredado técnicas para proteger estas tierras, las técnicas Kekkaishi, formas de energía capaces de destruir ayakashi. Los Ayakashi continúan buscando secretos en las tierras de Karasumori y son, aún hoy, enemigos poderosos, grandes, malignos. Cada vez aparecerán más y más, más fuertes, más decididos, complicando la misión de los protagonistas de esta serie, que tienen mucho que descubrir de su pasado y mucho que superar antes de dar por finalizada una serie realmente extensa.